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Pour voir les fonts :

sudo apt-get install poppler-utils
pdffonts fichier.pdf

Pour inclure les fonts dans le fichier Attention : input.pdf et output.pdf doivent être différents, sinon ça efface le fichier !!!

gs -dNOPAUSE -dBATCH -sDEVICE=pdfwrite -dEmbedAllFonts=true -sOutputFile=OUTPUT.pdf -f INPUT.pdf

ou pour tout un répertoire

mkdir ok
for i in *.pdf; do echo $i ; gs -dNOPAUSE -dBATCH -sDEVICE=pdfwrite -dEmbedAllFonts=true -sOutputFile=ok/$i -f $i; done | grep -v Page

Il reste par défaut des fonts qui ne sont pas incluses (Les fonts "Base 14").

On peut les inclure aussi avec :

mkdir ok
for i in *.pdf; do gs -dCompatibilityLevel=1.4 -dPDFSETTINGS=/prepress -dCompressFonts=true -dSubsetFonts=true -dNOPAUSE -dBATCH -sDEVICE=pdfwrite -sOutputFile=ok/$i -f $i; done